O Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas possui duas Linhas de Pesquisa principais onde todos os projetos desenvolvidos se enquadram:
Esta linha de pesquisa busca desenvolver estudos voltados para o isolamento e caracterização bioquímica de microrganismos; o isolamento, caracterização, produção e/ou análise de substâncias bioativas; e suas aplicações em processos biotecnológicos e de saúde.
Esta linha de pesquisa está voltada para o desenvolvimento de novos fármacos e medicamentos baseados em produtos naturais ou sintéticos, também estudos relativos ao controle de qualidade de fármacos, medicamentos e correlatos, bem como o estudo farmacoepidemiológico de medicamentos.