Dentro da Área de Concentração do PPZ-Unioeste/UTFPR, são duas as Linhas de Pesquisa do Programa:

1. Produção e Nutrição de Ruminantes / Forragicultura: Desenvolvimento de pesquisas referentes à produção, nutrição, ambiência reprodução e melhoramento genético de bovinos de corte, bovinos de leite, caprinos, ovinos e outras espécies ruminantes de importância econômica. Conjuntamente, desenvolvimento de estudos nas áreas de integração lavoura-pecuária, manejo, produção, conservação e avaliação de forragens e pastagens.
2. Produção e Nutrição de Não-Ruminantes / Aquicultura: Desenvolvimento de pesquisas ligadas à produção, nutrição, ambiência, reprodução e melhoramento genético de aves, suínos, abelhas e outras espécies não-ruminantes de importância econômica. Conjuntamente, desenvolvimento de pesquisas relacionadas a genética e melhoramento, reprodução, nutrição e alimentação, qualidade de água, sanidade, tecnologia de pescado e produção de organismos aquáticos em diferentes sistemas de cultivo.