Os professores do Programa coordenam e participam de três Grupos de Pesquisa institucionais devidamente registrados no diretório do CNPq:
- GPISC (Grupo de Pesquisa e Inovação em Sistemas Computacionais), coordenado pelo Prof. Marcio Seiji Oyamada;
- LES (Laboratório de Engenharia de Software), coordenado pelo Prof. Victor A. Santander;
- GPCA (Grupo de Pesquisa em Computação Aplicada), coordenado pelo Prof. Adair Santa Catarina;
- GTIE (Grupo de Pesquisa em Tecnologia, Inovação e Ensino), coordenado pelo Prof. Clodis Boscarioli
Os professores participam ainda de diversos Grupos de Pesquisa internos e externos:
- LER - Laboratório de Engenharia de Requisitos - UFPE
- RiSE Labs - UFBA
- Grupo de Pesquisa Operacional - UFPR
- ES&O - Grupo de Pesquisa em Engenharia de Software e Otimização - UTFPR
- OtimizES - Otimização em Engenharia de Software - UEM
- Grupo de Pesquisa em Redes de Computadores, Segurança da Informação e Sistemas Distribuídos. - UTFPR
- Matemática e Estatística Aplicadas - UNIOESTE
- Geoestatística Aplicada- GGEA - UNIOESTE
- Grupo de Física Computacional - UNIOESTE
- QUIASMA: FILOSOFIA, CIÊNCIA E ARTE - UNIOESTE
- Grupo de Pesquisa em Tecnologia, Inovação e Ensino - UNIOESTE